(一)貫徹執行國家水利政策。負責保障水資源的合理開發利用，擬訂全省水利戰略規劃和政策，起草有關法規草案，制定部門規章，組織編制重要河流的流域綜合規劃、防洪規劃等重大水利規劃。按規定制定水利工程建設有關制度并組織實施，負責提出水利固定資產投資規模和方向、國家和省上財政性資金安排的意見，按規定權限，審批、核準全省規劃內和年度計劃規模內固定資產投資項目；提出全省水利建設投資安排建議并組織實施。
(二)負責全省生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障。實施水資源的統一監督管理，擬訂全省和跨市（州）、跨流域水中長期供求規劃、水量分配方案并監督實施，組織開展水資源調查評價工作，按規定開展水能資源調查工作，負責重要流域、區域以及重大調水工程的水資源調度，組織實施取水許可、水資源有償使用制度和水資源論證、防洪論證制度。指導水利行業供水和鄉鎮供水工作。
(三)負責水資源保護工作。組織編制水資源保護規劃，組織擬訂重要河流的水功能區劃并監督實施，核定水域納污能力，提出限制排污總量建議，指導飲用水水源保護工作。指導地下水開發利用和城市規劃區地下水資源管理保護工作。
(四)負責防治水旱災害，承擔省防汛抗旱總指揮部的具體工作。組織、協調、監督、指揮全省防汛抗旱工作，對重要河流和重要水工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度，編制防汛抗旱應急預案并組織實施。指導水利突發公共事件的應急管理工作。
(五)負責節約用水工作。擬訂節約用水政策，編制節約用水規劃，制定有關標準，指導和推動節水型社會建設工作。
(六)指導水文工作。負責水文水資源監測、全省水文站網建設和管理，對河流湖庫和地下水的水量、水質實施監測，發布水文水資源信息、情報預報和全省水資源公報。
(七)指導全省水利設施、水域及其岸線的管理與保護，指導重點河流灘涂的治理和開發，指導水利工程建設與運行管理，負責全省水利工程建設造價管理工作，組織實施具有控制性的或跨市、州及跨流域的重要水利工程建設與運行管理，承擔水利工程移民管理工作。
(八)負責防治水土流失。擬訂水土保持規劃并監督實施，組織實施水土流失的綜合防治、監測預報并定期公告，負責有關重大建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作，指導全省重點水土保持建設項目的實施。
(九)指導農村水利工作。組織協調全省農田水利基本建設，指導農村飲水安全、節水灌溉等工程建設與管理工作，協調牧區水利工作，指導農村水利社會化服務體系建設。按規定指導農村水能資源開發工作，指導水電農村電氣化和小水電代燃料工作。
(十)負責重大涉水違法事件的查處，協調、仲裁跨市、州水事糾紛，指導水政監察和水行政執法。依法負責全省水利行業安全生產工作，組織、指導水庫、水電站大壩的安全監督，指導水利建設市場的監督管理，組織實施水利工程建設的監督。
(十一)開展水利科技和外事工作。組織開展水利行業質量監督工作，擬訂全省水利行業的技術標準、規程規范并監督實施。承擔全省水利統計工作。
(十二)承辦省委、省政府和水利部交辦的其他事項。
甘肅省水利廳設10個內設機構：
(一)辦公室。 負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、保密、信訪、政務公開、新聞發布工作；負責重要工作的督查督辦。 (二) 財務處。 編制水利部門預算；承擔機關并指導廳屬單位的財務管理工作。承擔全省水利資金和國有資產的監督管理工作；提出有關水利價格、收費、信貸的建議。
(三) 規劃計劃處。 擬訂全省水利戰略規劃，組織編制重大水利綜合規劃、專業規劃和專項規劃；審核重大水利建設項目建議書、可行性研究報告和初步設計；指導水工程建設項目合規性審查工作；承擔水利綜合統計工作。
(四)水政水資源處。 起草全省水利法規草案和部門規章并監督實施；指導水利行政許可工作并監督檢查；承辦行政應訴、行政復議和行政賠償工作；承擔重大涉水違法事件的查處，協調跨市、自治州水事糾紛；指導水政監察和水行政執法工作。組織實施水資源取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度；組織水資源調查、評價和監測工作；指導水量分配、水功能區劃和水資源調度工作并監督實施，組織編制全省水資源保護規劃，指導飲用水水源保護、城市供水的水源規劃、城市防洪、城市污水處理回用等非傳統水資源開發的工作，指導入河排污口設置工作;指導計劃用水和節約用水工作。
(五) 人事處。 負責機關和廳屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資、干部職工隊伍建設工作；負責水利體制改革有關工作。
(六) 建設管理處。 指導全省水利設施、水域及其岸線的管理和保護；指導重點河流、灘涂的治理和開發；組織實施河道管理范圍內工程建設方案審查制度；指導水利工程建設與運行管理，指導水利建設市場的監督管理。
(七)科技外事處。 承辦水利國際合作和外事工作；擬訂全省水利行業技術標準、規程規范并監督實施；組織重大水利科學研究、技術引進和科技推廣。
（八）農村水利處。 組織協調全省農田水利基本建設，指導農村飲水安全、節水灌溉，排水及雨洪資源利用等工程建設與管理，指導農村水利社會化服務體系建設。
(九)農村水電處。 指導全省農村水能資源開發工作，擬訂全省農村水能資源開發的政策、法規、技術標準和規程規范并組織實施；組織開展水能資源調查工作，負責水能資源信息系統建設和水能資源調查成果的管理；指導農村水電體制改革，指導水電農村電氣化工作，指導小水電代燃料工作。
(十)安全監督處。 承擔水利行業安全生產工作，指導水庫、水電站大壩的安全監管，組織實施水利工程質量和安全監管。
省水利廳機關行政編制61名。其中:廳長1名、副廳長4名、紀檢組長1名、總工程師1名（正處級），處級領導職數27名（含機關黨委專職副書記1名）。
（一）保留機關后勤事業編制14名，處級領導職數2名。
（二）保留水利工會事業編制3名，處級領導職數2名。
（三）將省發改委庫區移民辦公室整建制劃入省水利廳，保留事業編制6名、處級領導職數2名。
（四）關于水資源保護與水污染防治的職責分工：省水利廳對水資源保護負責，省環境保護廳對水環境質量和水污染防治負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立協商機制，定期通報水資源保護與水污染防治有關情況，協商解決有關重大問題。省環境保護廳發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。省水利廳發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應與省環境保護廳協商一致。
(五)關于河道采砂管理的職責分工：省水利廳對河道采砂影響防洪安全、河勢穩定，堤防安全負責，省國土資源廳對保障河道內砂石資源合理開發利用負責，省交通運輸廳對河道采砂影響通航安全負責。由省水利廳牽頭，會同省國土資源廳、省交通運輸廳等部門，負責河道采砂監督管理工作，統一編制河道采砂規劃和計劃，河道采砂的水上執法監管，要充分發揮交通運輸部門執法機構的作用。
（六）關于城市涉水事務的職責分工：將城市涉水事務的具體管理職責交給城市人民政府，并由城市人民政府確定供水、節水、排水、污水處理方面的管理體制，省政府各相關部門根據所承擔的職責負責業務上的指導。
（七）所屬事業單位的設置、職責和編制事項另行規定。
本規定由甘肅省機構編制委員會辦公室負責解釋，其調整由甘肅省機構編制委員會辦公室按規定辦理。